Der Film begibt sich auf Spurensuche von den 60er Jahren bis zum Ende der DDR. Viele Anschläge und Todesfälle sind bis heute nicht aufgeklärt, ihre Aufarbeitung schwierig, da viele Akten kurz vor der Wende frisiert oder vernichtet wurden.

Breiten Raum nimmt in der Dokumentation der Fall des kürzlich verstorbenen Fußball-Bundesligatrainers Jörg Berger ein, der jahrelang im Westen von der Stasi verfolgt wurde und für diese Dokumentation sein letztes großes Interview gab. Eine rätselhafte Krankheit im Jahr 1986, ein mysteriöser Autounfall - erst als er nach der Wende seine Stasi-Akten sichtete, kam ihm ein schrecklicher Verdacht: Trachtete die Stasi ihm nach dem Leben?

Ebenfalls bis heute ungeklärt sind die Umstände, unter denen der Fußballer Lutz Eigendorf 1983 ums Leben kam. Eigendorf, ein DDR-Nationalspieler, setzte sich 1979 in die Bundesrepublik ab. Immer wieder äußerte er sich in Interviews kritisch über die DDR. Anfang dieses Jahres bestätigte ein ehemaliger Stasi-Spitzel zum ersten Mal, dass es tatsächlich Mordpläne gegen den geflohenen Fußballspieler gab.

Die Suche nach der Wahrheit war mühsam, doch die Aktenfunde scheinen eindeutig: So sollte der geflohene Grenzoffizier Rudi Thurow laut Unterlagen mit einem 1000 Gramm schweren Hammer erschlagen werden, bei einem anderen Fahnenflüchtigen plante die Stasi, einen Sprengsatz unter dem Sitz seines Mopeds zu montieren. Gegenüber dem ZDF berichtet ein ehemaliger MfS-Mitarbeiter von Plänen, den geflohenen Geheimdienstagenten Werner Stiller zu ermorden. In einem Fall gibt es sogar ein Geständnis: Ein ehemaliger MfS-Offizier hat zugegeben, den Fluchthelfer Wolfgang Welsch vergiftet zu haben.

Mit Zeugenaussagen, Archivfunden und investigativen Recherchen widerlegt die ZDF-Dokumentation "Sonderauftrag Mord - Die Geheimnisse der Stasi" die Legende der Stasiführung, der DDR-Geheimdienst habe mit Auftragsmorden nichts zu tun gehabt.

Quelle: ZDF